Shotgun Sequencing
WGS / Metagenómica
Enfoque funcional y genómico: desde lecturas crudas hasta perfiles taxonómicos, vías metabólicas y, cuando aplica, ensamblaje y binning.
Qué es
Análisis de secuenciación shotgun (WGS/metagenómica) para caracterizar comunidades y/o genomas completos. Permite ir más allá de taxonomía: inferir funciones, rutas metabólicas y genes de interés según el objetivo del estudio.
Qué incluye
- Control de calidad y preprocesamiento (filtros, contaminantes técnicos).
- Filtrado de host (cuando aplica) y control de contaminación.
- Perfilado taxonómico y métricas de composición por muestra.
- Perfilado funcional y reconstrucción de rutas/vías (según estrategia acordada).
- Opcional: ensamblaje, binning y anotación (cuando el diseño y profundidad lo soportan).
Alcance
- La ruta exacta depende del objetivo: descriptivo, comparativo, funcional o reconstrucción genómica.
- Se documentan parámetros, filtros y decisiones para trazabilidad.
- Si tu objetivo es diversidad 16S/ITS, normalmente conviene el servicio de amplicones.
Entregables
- Tablas taxonómicas y/o funcionales por muestra (con definiciones claras de métricas).
- Reportes de QC y resumen metodológico.
- Figuras y comparaciones entre grupos (según diseño).
- Cuando aplica: contigs, bins/MAGs, anotaciones y métricas de calidad.
- Scripts / notebooks reproducibles (según modalidad de entrega acordada).
Cómputo para decisiones biológicas
En shotgun/WGS, “recortar por cómputo” suele significar renunciar a rutas más informativas (bases de datos completas, ensamblaje/binning, controles más estrictos o evaluaciones comparativas). En BioSeryl usamos literatura y herramientas actualizadas y escalamos el cómputo cuando aplica, para que la estrategia se elija por criterio biológico y no solo por velocidad.
Publicación y coautoría (opcional)
Si tu meta es manuscrito, el entregable se estructura en formato publicable (métodos, decisiones, tablas/figuras) y te acompañamos en discusión y respuesta a revisores. Cuando corresponde por contribución intelectual, puede plantearse coautoría bajo criterios editoriales.
Qué necesitamos
- FASTQ y metadata de muestras (grupos, tiempo, covariables relevantes).
- Contexto del estudio: pregunta, variable principal y comparaciones válidas.
- Si hay host: especie/ensamble de referencia o aclaración del material biológico.
- Requisitos de salida: tablas, figuras, manuscrito, informe interno, etc.