Amplicon Sequencing
16S / ITS
Pipeline completo de microbioma: control de calidad, denoising/clustering, taxonomía, diversidad alfa/beta, estadística y figuras listas para manuscrito.
Qué es
Análisis bioinformático para estudios de comunidades microbianas usando amplicones (por ejemplo, 16S rRNA e ITS). El foco es transformar lecturas crudas en resultados interpretables: composición taxonómica, diversidad y comparaciones entre grupos.
Qué incluye
- Control de calidad y preprocesamiento (lecturas, adaptadores/primers, filtros).
- Denoising (ASVs) o clustering (OTUs), según objetivo y diseño.
- Asignación taxonómica y filtrados (contaminación, baja abundancia, controles).
- Diversidad alfa y beta, ordenaciones, pruebas de significancia.
- Análisis de composición/diferencial (según datos y supuestos).
- Visualización y figuras de calidad publicable.
Alcance
- Desde FASTQ hasta tablas y figuras finales, con trazabilidad de decisiones.
- El análisis se ajusta al tipo de librería, región amplificada y diseño del estudio.
- Puede integrarse con un componente de diseño de estudio si aún estás a tiempo.
Entregables
- Tablas: ASV/OTU, taxonomía, abundancias (crudas y normalizadas según criterio).
- Métricas de diversidad y resultados estadísticos (con supuestos documentados).
- Figuras: composición, PCoA/NMDS, boxplots, heatmaps y resúmenes por grupo.
- Reporte técnico (metodología + decisiones + interpretación).
- Scripts / notebooks reproducibles (según modalidad de entrega acordada).
Cómputo y parámetros (sin atajos)
En microbioma, decisiones pequeñas (trimming, filtros, estrategia ASV/OTU, normalización) pueden cambiar conclusiones. En muchos equipos se fijan parámetros por velocidad o por “default”. En BioSeryl priorizamos realismo biológico: evaluamos parámetros críticos, documentamos criterios y, cuando aplica, corremos análisis de sensibilidad con infraestructura HPC.
Publicación y coautoría (opcional)
Si tu objetivo es un artículo científico, podemos acompañar la escritura metodológica y la discusión. Cuando corresponde por contribución intelectual, la colaboración puede estructurarse como coautoría, alineada con criterios editoriales.
Qué necesitamos
- FASTQ (single/paired) y, si aplica, información de primers/adaptadores.
- Metadata de muestras (grupos, tiempo, lote, covariables relevantes).
- Contexto del estudio: pregunta, variables principales y criterios de comparación.
- Detalles de secuenciación (plataforma, región objetivo, layout).