Amplicones 16S/ITS
DADA2 & mothur

Qué es

Curso intensivo que cubre el pipeline completo de análisis de amplicones 16S rRNA (bacterias/arqueas) e ITS (hongos) usando dos paradigmas complementarios: ASVs con DADA2 y OTUs con mothur. Incluye criterios para elegir el enfoque según objetivo del estudio y comparabilidad.

Qué incluye

• QC especializado para amplicones (primers residuales, longitudes, PhiX, artefactos).
• Pipeline DADA2: filtrado, modelo de error, denoising, merge paired-end y quimeras.
• Pipeline mothur: preprocesamiento, clustering OTU y detección de quimeras.
• Taxonomía: SILVA/GTDB/RDP y UNITE (hongos), con lectura de confidence scores.
• Diversidad alfa/beta, PERMANOVA y visualizaciones publication-ready.

Contenido (unidades)

• Unidad 1: Fundamentos + control de calidad para amplicones.
• Unidad 2: DADA2 y mothur (core) + comparación ASVs vs OTUs.
• Unidad 3: Taxonomía y diversidad alfa (con phyloseq).
• Unidad 4: Diversidad beta, análisis avanzado y proyecto integrador.

Alcance

• Enfoque teórico-práctico: aproximadamente 40% teoría + 60% práctica.
• Trabajo con datasets reales (microbioma intestinal, suelo, clínico).
• Modalidad virtual sincrónica con live coding en RStudio Server (según cohorte).

Requisitos

• Biología molecular: PCR y conceptos de secuenciación Illumina.
• R básico (data frames, paquetes) y terminal Linux básico (navegación, scripts).
• Recomendado: control de calidad NGS (TC-BIO-01).

Entregables para certificación

• Scripts R comentados (pipeline reproducible DADA2/mothur) y datasets de práctica.
• Bases de datos (SILVA/GTDB/UNITE) y guía de interpretación taxonómica.
• Ejercicios prácticos de las 4 unidades.
• Proyecto integrador: análisis completo de microbioma con figuras publicables.

Certificación

• Nota mínima de aprobación: 4.0 / 5.0
• Asistencia mínima: 80%
• Certificado: Digital — BioSeryl Academy