Control de Calidad y Preprocesamiento de Datos NGS
Modalidad Virtual Sincrónica en Vivo
$120.00
Este taller introductorio introduce los fundamentos y herramientas esenciales para evaluación de calidad y preprocesamiento de datos de secuenciación de nueva generación NGS. Los participantes aprenderán a trabajar con datasets reales que contienen artefactos técnicos, errores de secuenciación, contaminación y sesgos sistemáticos.
Contenido principal:
• FastQC: Interpretación de 12 módulos de análisis según contexto experimental
• Trimming: Trimmomatic, cutadapt, fastp y selección de parámetros
• Filtrado de contaminantes: adapters, PhiX, DNA de host
• MultiQC: Agregación de reportes de calidad
• Pensamiento crítico para decisiones de QC
Duración: 12-16 horas de formación sincrónica en vivo
Herramientas: FastQC, Trimmomatic, cutadapt, fastp, BBDuk, MultiQC, samtools
Prerequisitos: Biología molecular básica y conocimientos de Unix/Linux esenciales
FastQC - Evaluación de calidad de reads crudos
Trimmomatic - Trimming robusto con sliding window
cutadapt - Remocción inteligente de adapters
fastp - Análisis todo-en-uno con reporte HTML
BBDuk - Filtrado por k-mers y contaminantes
MultiQC - Agregación de reportes de múltiples herramientas
samtools/bcftools - Formatos bioinformáticos
Conda/Mamba - Gestión de ambientes reproducibles
Comprender tecnologías de secuenciación NGS - Plataformas Illumina, PacBio, Nanopore
Interpretar reportes FastQC en contexto experimental - Distinguir warnings cosmésticos de problemas genuinos
Dominar formatos bioinformáticos fundamentales - FASTQ, codificación ASCII de scores Phred
Diseñar estrategias de trimming apropiadas - Seleccionar parámetros según calidad de datos y objetivos analíticos
Detectar y filtrar contaminación - Adapters, PhiX, DNA de host, índices mal-demultiplexados
Generar reportes reproducibles con MultiQC - Documentar decisiones de QC para auditorías
Aplicar pensamiento crítico para decisiones metodológicas de QC