Bioinformática
estructural
Modelado 3D, docking y dinámica molecular con criterios de validación, trazabilidad de parámetros y lectura biológica de resultados.
Qué es
Servicio de modelado y análisis estructural para estudiar interacciones moleculares (proteína–ligando, proteína–proteína, proteína–ácido nucleico), estabilidad conformacional y efectos de mutaciones/variantes. Se prioriza que el resultado sea interpretable y útil para decisiones experimentales.
Qué incluye
- Preparación y evaluación de estructura (plantillas, modelos, refinamiento y validación).
- Docking (según caso): configuración, ejecución, rescoring y análisis de poses.
- Dinámica molecular: preparación del sistema, equilibración, producción y análisis.
- Análisis de variantes/mutantes: impacto estructural, estabilidad y sitios funcionales.
- Resumen de hallazgos con hipótesis accionables (qué probar en laboratorio).
Alcance
- Se define por objetivo (cribado/selección, explicación mecanística, comparación de variantes).
- Se documentan parámetros, condiciones y supuestos; se entregan resultados reproducibles.
- Si el caso requiere química medicinal avanzada o validación experimental, se plantea como fase posterior.
Entregables
- Estructuras y archivos de trabajo (PDB/mmCIF, sistemas preparados, configuración).
- Resultados de docking (poses, scores, interacciones) y/o resúmenes de dinámica.
- Métricas típicas: RMSD/RMSF, contactos, energía (según metodología), análisis por región.
- Informe técnico con metodología, resultados y conclusiones.
Qué necesitamos
- Secuencia o estructura de la(s) proteína(s) objetivo y organismo.
- Ligandos/candidatos (SMILES/SDF) o criterio de selección.
- Pregunta concreta (por ejemplo: comparar variantes, explorar sitio activo, priorizar compuestos).
- Restricciones: tiempos, nivel de exhaustividad y formato de salida esperado.
Cómputo sin sacrificar el fenómeno
En modelado, docking y dinámica molecular es común “simplificar” por limitación de cómputo: menos escenarios, menos evaluación, menos control de parámetros. Nosotros priorizamos el objetivo científico y la interpretación: trazabilidad de configuración, criterios de validación y ejecución en infraestructura de alto rendimiento cuando aplica.
Publicación y coautoría (opcional)
Si el proyecto está orientado a artículo científico, podemos estructurar el reporte en formato de manuscrito y acompañar la discusión. La coautoría se plantea únicamente cuando corresponde por contribución intelectual, bajo criterios editoriales.